ในแรกเริ่มคณะโบราณคดีมีจุดมุ่งหมายหลัก เพื่อสนับสนุนบุคคลที่ต้องการเป็นผู้เชี่ยวชาญทางด้านโบราณคดี และผลิตบัณฑิตเพื่อเข้ารับราชการในกองโบราณคดี กรมศิลปากร นักโบราณคดี ครูอาจารย์ รวมทั้งเจ้าหน้าที่ที่เกี่ยวข้องกับงานโบราณคดี เนื่องจากเล็งเห็นว่าในประเทศไทยเป็นประเทศที่มีโบราณวัตถุสถานอยู่เป็นจำนวนมาก โบราณวัตถุสถานเหล่านี้ย่อมเป็นเครื่องชี้ให้เห็นถึงประวัติศาสตร์และวัฒนธรรมอันเก่าแก่ของชาติ เป็นเครื่องผูกพันและช่วยกระตุ้นเตือนให้คนในชาติรู้สึกภาคภูมิใจ รักชาติ มุ่งมานะที่จะรักษาเอกราชของชาติให้ดำรงคงอยู่ตลอดกาล การศึกษาโบราณคดีเท่ากับเป็นการช่วยรักษาวัฒนธรรมอันสูงส่งของชาติไว้มิให้สูญหาย จึงควรมีบุคลากรที่สามารถศึกษาเพื่อสร้างความเข้าใจและรักษาโบราณวัตถุสถานของชาติไว้ หลักสูตรและการเรียนการสอนในคณะโบราณคดีระยะแรก ๆ จึงเป็นการเน้นผลิตนักวิชาการสาขาโบราณคดีเท่านั้น

พ.ศ. 2496 มหาวิทยาลัยศิลปากรได้เปิดเตรียมคณะโบราณคดีขึ้นอีกแผนกหนึ่งในโรงเรียนศิลปศึกษา (เตรียมมหาวิทยาลัยศิลปากร) ปัจจุบันเปลี่ยนชื่อเป็นโรงเรียนช่างศิลปะ ในครั้งนั้นโรงเรียนศิลปศึกษาแบ่งเป็น 3 แผนกคือ จิตรกรรม โบราณคดี และช่างสิบหมู่ เตรียมคณะโบราณคดีมีหลักสูตร 3 ปี ผู้ที่เรียนจบชั้นปีที่ 2 ถ้าสอบได้คะแนนถึงตามที่มหาวิทยาลัยกำหนดไว้ ก็จะมีสิทธิที่จะเข้าศึกษาต่อในมหาวิทยาลัยศิลปากร สำหรับผู้ที่สอบได้คะแนนไม่ถึงหรือต้องการประกอบอาชีพ ไม่ต้องการที่จะเรียนต่อในมหาวิทยาลัยก็เรียนต่อจนจบชั้นปีที่ 3 ก็จะได้รับประกาศนียบัตรเทียบเท่าชั้น มัธยมศึกษาปีที่ 6 ปัจจุบัน

สถานที่เรียนเมื่อครั้งเป็นโรงเรียนศิลปศึกษานั้น ใช้อาคารเก่าของกระทรวงคมนาคม ซึ่งเดิมตั้งอยู่ที่โรงละครแห่งชาติปัจจุบัน นักเรียนเตรียมโบราณคดีรุ่นแรกมีทั้งหมด 4 คน หญิง 1 คน ชาย 3 คน อาจารย์ที่สอนคือ ศาสตราจารย์ชิน อยู่ดี อาจารย์เขียน ยิ้มศิริ อาจารย์จิรา จงกล และศาสตราจารย์ หม่อมเจ้าสุภัทรดิศ ดิศกุล สำหรับวิชาสามัญต่างๆ ได้แก่ ภาษาอังกฤษ ฯลฯ เรียนรวมกันทั้ง 3 แผนก คือ จิตรกรรม โบราณคดี และช่างสิบหมู่

พ.ศ. 2498 มหาวิทยาลัยศิลปากรได้เปิดคณะโบราณคดี ขึ้นเป็นคณะวิชาที่ 3 ของมหาวิทยาลัยศิลปากร สถานที่เรียนของคณะโบราณคดีในขณะนั้นยังอยู่ที่โรงเรียนศิลปศึกษา บางครั้งได้อาศัยพิพิธภัณฑสถานแห่งชาติเป็นที่ทำการชั่วคราวด้วย เมื่อตั้งคณะโบราณคดีขึ้นเมื่อ พ.ศ. 2498 นั้น คณะโบราณคดียังไม่มีอาจารย์ประจำ อาจารย์ที่สอนส่วนใหญ่เป็นข้าราชการจากกรมศิลปากร นอกจากนี้ยังมีอาจารย์พิเศษจากมหาวิทยาลัยอื่น ๆ เช่น จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย อาจารย์จากคณะต่างๆ ในมหาวิทยาลัยศิลปากร และกระทรวงศึกษาธิการ เป็นต้น

พ.ศ. 2503 คณะโบราณคดีได้ย้ายมาอยู่บริเวณเดียวกับมหาวิทยาลัยศิลปากรปัจจุบัน

พ.ศ. 2507 ย้ายมาอยู่ตำหนักพรรณราย บริเวณวังท่าพระ ซึ่งปัจจุบันเป็นหอศิลป์ มหาวิทยาลัยศิลปากร

พ.ศ. 2520 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงเข้าศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา สาขาวิชาจารึกภาษาตะวันออก ดำเนินการสอนโดยภาควิชาภาษาตะวันออก คณะโบราณคดี มหาวิทยาลัยศิลปากร เมื่อปีการศึกษา 2520 และทรงสำเร็จการศึกษาเมื่อปีการศึกษา 2521 และ พ.ศ. 2521 ย้ายมาอยู่ที่ตึกคณะโบราณคดีในปัจจุบัน

1) “ ยกระดับ ” คณะโบราณคดีให้เป็นสถาบันที่มีความโดดเด่นและเป็นเลิศทางวิชาการ ผลิตบัณฑิตด้านโบราณคดี ประวัติศาสตร์ศิลปะ ศิลปวัฒนธรรม ภาษาและจารึก สู่สังคมระดับชาติและนานาชาติ

2) “ บูรณาการ ” งานวิจัยและสร้างสรรค์ด้านโบราณคดี ประวัติศาสตร์ศิลปะ ภาษา ศิลปวัฒนธรรม ที่มีคุณภาพ

3) “ สืบสาน ” ทำนุบำรุงศิลปวัฒนธรรม อนุรักษ์มรดกของชาติทางโบราณคดี ภาษาและวัฒนธรรม ในระดับท้องถิ่น ชาติ และนานาชาติ เสนอแนะแก่สังคมเพื่อความยั่งยืน

4) “ พัฒนา ทุน ทางวิชาการ ” สร้างสรรค์สังคม เพิ่มมูลค่าทางเศรษฐกิจ สร้างประโยชน์ต่อประเทศชาติ

5) “ สื่อสาร ” ภาพลักษณ์อันดีสู่ประชาคมและสังคมอย่างสร้างสรรค์ ภายใต้ฐานรากวัฒนธรรมองค์กรแบบครอบครัวโบราณคดี

 ” เป็นสถาบันการศึกษาที่มีความเชี่ยวชาญและเป็นผู้นำ ทางด้านโบราณคดี ประวัติศาสตร์ศิลปะ ศิลปวัฒนธรรม ภาษาและจารึก เป็นที่ยอมรับในระดับชาติและนานาชาติ “

ARC = A – ACADEMIC R – RESPONSIBILITY C – CREATIVITY